O projeto para implementação dos cursos de Ensino Médio nas aldeias ticunas foi preparado pela OGPTB a partir de reflexões dos professores ticunas nos cursos de formação, das discussões e propostas do "I Encontro Pedagógico para Discussão do Projeto e Formação dos Professores" e dos resultados dos debates do seminário "Os Povos Indígenas do Alto Solimões e a Educação Escolar: Construindo um Ensino Médio Específico", promovido pela SECAD/MEC em parceria com a OGPTB. Este último - realizado em abril de 2004 no Centro de Formação de Professores Ticunas -, teve a participação de 220 representantes ticunas, caixanas, cambebas e kokámas, entre professores e lideranças de seis municípios do Alto Solimões.
A partir de 2003 foram criados cursos de nível médio nas aldeias de Filadélfia, Feijoal e São Leopoldo (Benjamin Constant), Umariaçu II e Belém do Solimões (Tabatinga), Campo Alegre (São Paulo de Olivença) e Betânia (Santo Antônio do Içá).
O quadro docente dos cursos de Ensino Médio nas aldeias está composto por professores ticunas e não indígenas, escolhidos com a participação das comunidades interessadas, representantes da OGPTB e técnicos da Secretaria de Educação do estado do Amazonas (SEDUC-AM).
A OGPTB promoveu dois encontros pedagógicos no Centro de Formação de Professores Ticunas com o objetivo de capacitar os professores (indígenas e não-índios), bem como para discutir e aperfeiçoar o projeto pedagógico do curso:
Face à inexistência de materiais didáticos para o Ensino Médio nas escolas onde esse nível de ensino passou a funcionar, a OGPTB iniciou a organização de acervos para cada uma das seis escolas, contendo: livros didáticos e para-didáticos, livros de literatura, gramáticas, dicionários, mapas e atlas geográficos; apostilas para uso dos professores; fitas de vídeo, entre outros.